통합총회는 1심판결에 불복해 즉각 항소했다. 그 결과 지난 7월 20일 열린 2심 서울고등법원 제11민사부는 이 목사를 면직·출교한 예장통합 총회재판국의 판결은 1심 판결과 같이 무효라고 선고했다.

앞서 두레교회바로세우기협의회(두바협)는 이 목사가 강의와 설교에서 기독교를 비하하고 통일교와 구원파를 높이 평가했다는 이유로 2014년 7월 예장통합 평양노회에 이 목사를 고소했다.

당시 노회와 총회는 두바협의 손을 들어 줬다. 노회 재판국은 2015년 6월 이 목사에게 정직 2년을 선고했고, 총회 재판국은 2016년 5월 이 목사에 면직·출교 처분을 내렸다. 교단과 교회가 용납하기 어려운 이단적 괴설을 설파하고, 비성경적이고 동양 종교적 색채가 드러났다고 밝혔다.

이에 이 목사는 정치적 판결이라며 반발하고, 법원에 총회 재판국 판결 무효 확인 청구 소송을 제기했다.

법원은 이 목사의 손을 들어 줬다. 서울중앙지법은 지난해 11월 4일 “총회 재판국이 스스로 정한 절차적 요건을 갖추지 못했고, 절차상 하자가 중대하고 명백하다”고 판결했다.

법원은 판결문을 통해 “통합총회 판결은 총회 헌법과 시행규정에서 교단 스스로 정한 절차적 요건마저 갖추지 못해 절차적 하자가 중대명백하고, 정의 관념에 반해 무효가 타당하다”고 적시했다.

구체적으로 총회헌법 제49조와 제52조에서 죄과를 범한 것을 알거나 죄과가 일어난 지 일정기간을 경과하면 고발하지 못한다고 규정돼 있지만, 이 기간을 경과한 강의를 근거로 기소됐다며 ‘적법하지 않다’고 내다봤다.

아울러 “총회헌법 제63조에서 이단적 행위에 대해 기소할 때에는 ‘총회 직영 신학대학교 해당분야 교수 5인 이상에게 보낸 질의서 중 과반수 인정의견서를 첨부해야 한다’는 기소제한 규정이 있지만, 이번 사건에서는 인정의견서가 첨부되지 않았다”고 판시했다.

또 “총회헌법 제104조에서 불이익 변경금지 원칙을 두고 있는데도, 평양노회 기소위원장은 ‘원심 재판절차가 총회헌법에 명백히 위배 된다’고 상고해 스스로 원심판결(정직 24개월)조차 위법하다는 견해를 표시했으며, 원심보다 중한 처분을 구하는 당사자가 없는데도 원심보다 훨씬 중한 면직 출교처분을 했다”고 밝혔다.

결국 지난 7월 20일 열린 2심에서 서울고등법원은 “원심 판결은 정당하다”며 예장통합의 항소를 기각했다.

한편 이문장 목사는 2016년 5월 8일 공동의회를 열고 교단 탈퇴를 결의했으며, 같은 해 8월 사)국제독립교회연합회(설립자 박조준 목사)에 가입했다.